已经签订了赔偿协议，但让我主动申请辞职，是否合法？

用人单位违法解除或终止劳动合同的，劳动者有权请求其支付经济赔偿金，对于经济赔偿金的数额有异议的，有权提起劳动争议仲裁仲裁、对仲裁不服的可以向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
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不管是公司先行提出解除劳动合同，还是员工先行提出，员工都可能有权利主张经济补偿。
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解雇员工企业不一定需要赔偿，如果是因为劳动者本身存在法定过错情形辞退的，不需要支付劳动者补偿;如果是无过失性辞退或者因为裁员辞退劳动者的才需要赔偿。赔偿按照劳动者在单位工作每满一-年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一-年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的;向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。